Biraz önce belirttiğimiz üzere, İncillerin Yunanca yazmalarının ve diğer dillere yapılan tercümelerinin çoğaltılarak kopya edilmeleri esnasmda ortaya çıkan yüzbinlerce farklılık, bu kitapların matbaa basımları sırasında da aynen devam etmiştir. İncillerin matbaada basılacakları sırada çok dikkatli bir çalışma, nüshaların karşılaştırılarak, birlikte değerlendirilmeleri sonunda bu farklılıkların asgariye indirilmeleri mümkün iken mâlesef bu yapılmamış, bu yüzden belki matbaa baskıları farklılıkların miktar ve derecesini iyice su yüzüne çıkarmıştır.

İncillerin ilk defa matbaada baskıya girmeleri M.S.1481 ryılında olmuştur. Belirtilen yılda "Meryem Ananın Hamd İlâhîsi" ismi verilen, Luka İncilinin birinci babının 42-56 ayetlerini ihtiva eden kısım matbaada basılmıştır.

İlk zamanlar, İncillerin tamamı yerine, onlardan bazı kısımlar basılmış, bu şekilde kısmî baskı bir süre devam etmiştir. Bu ilk kısmî baskıların arkasından Erasmus, 1516 yılında_Yunanca esas metîn ile "Latin Vulgate"yi birlikte basmıştır. Ancak bu basımın acele yapıldığı, birçok hataları ihtiva ettiği ve basım esnasında bozuk nüshalardan faydala-nıldığı ileri sürülerek uzun süre tenkid edilmiştir. Erasmus basımı ile hemen hemen aynı yıllarda "Complutension Polygot'un basım çalışmaları başlamıştır. İki sütun halinde, bir yanda Yunanca metin, öbür yanda Latin Vulgate metni yer alacak şekilde yürütülen çalışmalar 1517 yılında tamamlanmıştır.. Ancak, papalık Yeni Ahidin bütün kitaplarını ihtiva eden bu basıma bir süre izin vermiyor. 1520 yılında, papalıktan gerekli izin alınarak basım gerçekleştiriliyor, fakat papalık, basılan kitabın satılmasını ve dağıtılmasını iki yıl süre ile yasaklıyor. Bu basımın satışı ve dağıtılışı ancak 1522 yılında serbest bırakılıyor. Bu basımda, editörler tarafından hangi yazma nüshanın kullanıldığına dair bir işaret mevcut değildir. Bu Polygot basımının, hem Erasmus'un, hem de Stephanus'un basımlarından daha sıhhatli olduğu ileri sürülüyor.

1546 yılında Stephanus, Yeni Ahidin tamamını Grekçe olarak basımc: hazırlamıştır. Bu basımın bir özelliği vardır. Stephanus, bu basımda metindeki farklı okunuşları göstermiştir. Bu basıma Latince olarak "Textus Receptus" (kabul edilmiş, benimsenmiş metin), İngilizce olarak, "Received Text" ismi verilmektedir. Ancak, bu basıma hazırlanan metnin, 1550 yılında Great Mill tarafından yayınlanması üzerine Stephanus ve Mill'e çok büyük hücumlar yapılmıştır. Onlar, bu basım ile Yeni Ahid metinlerini şüpheli ve güvenilmez hale getirmekle itham edilmişlerdir.

Great Mill'in basımından yaklaşık üç çeyrek yüzyıl sonra Hollandalı Elzivir 1624 yılında İncilleri ve Yeni Ahidin diğer bütün kitaplarını Hollanda'da bastırmıştır. Bu basım sonraki yıllarda birkaç kere tekrarlanmıştır.

İncillerin modern tenkidli basımı ilk olarak 1850 yılında Charles Lachman tarafından yapılmıştır. Lachman, Yeni Ahidin metnini, "Textus Receptus"u hiç gözönünde bulundurmadan yayınlamıştır. Onun, bunu yapmaktan amacı, Yeni Ahidi dördüncü yüzyılda bilindiği şekli ile yayınlamaktı.

Lachman'dan sonra Samuel Prideaux Tregelles 1857-1872 yılları arasında yaptığı Yeni Ahid basımında ne "Textus Receptus"u, ne de daha sonraki dönemlere ait yazmaları gözönünde bulundurmadı. O, basımını en eski yazmalara dayandırmaya çalıştı. Bu kişilerin basımlarından sonra da İncillerin basımları devam etmiştir.
Bugün dünyada bine yakın dil ve lehçeye tercüme edilerek basımı yapılan Kitâb-ı Mukaddesin, bu yabancı dillere yapılan tercümelerinde de oldukça farklılıklar vardır. En basit bir örnek olmak üzere Türkçeye yapılan tercümelerdeki farklılıkları göstermemiz mümkündür. Türkiyede Kitâb-ı Mukaddes şirketinin bastırmış olduğu Kitâb-ı Mukaddeste yer alan İncil metinleri ile, yine aynı şirketin müstakil olarak bastırmış olduğu ve üzerinde sadece "İncil" yazan Yeni Ahid-deki İncil metinleri arasında farklar vardır. Ayrıca Yeni Yaşam Yayınları tarafından neşredilen ve Üzerinde "Müjde İncilin Çağdaş Bir Çevirisi" yazan Yeni Ahidde yer alan İncil metni ile daha önce bahsettiğimiz iki metin arasında da farklılıklar vardır. Bu üç Türkçe tercümede bile farklılıklar olabildiğine göre, farklı dillere tercüme edilen İnciller arasında kimbilir ne kadar çok farklılık vardır.Mesela:Luka, l1: 15 de Hz. İsa'nın, cinleri çıkarırken cinlerin başkanlarının yardımını aldığı bazıları tarafından iddia edilmekte, Hz.İsa da bu iddiaya cevap vermektedir. Kitâb-ı Mukaddes şirketinin neşri iki metinde, cinlerin başkanlarının adı Baalzebul olarak geçerken, Yeni Yaşam Yayınlarının neşri olan metinde bu cinlerin başkanının adı Baalzebub olarak yazılmıştır.

Yine Sinoptik incillerde nakledilen, Petrus'un sıtmalı kaynanasının tedavisinin anlatıldığı pasajlarda Kitâb-ı Mukaddes neşrinde "sıtmalı kadın" tabiri geçerken, Yeni yaşam yayınlarının neşri olan incillerde bu "Ateşler basmış kadın" şekline dönüşmüştür. Her ateş basmasının sıtma olmadığını bildiğimize göre, "sıtmalı kadın" tabirini nasıl "ateşler basmış kadın" şeklinde açıklayabilirler, anlamak mümkün değildir. Görüldüğü gibi son dönem İncil tercümelerinde bile hafife almamıyacak kadar köklü tercüme farklılıkları görüldüğüne göre, kimbilir ilk dönemlerde diğer dillere yapılan tercümelerde ne kadar çok farklılıklar vardı. İncil basımları ile ilgili olarak ortaya çıkmış birçok suçlama vardır. Bu suçlamalar, farklılıkların olduğuna en açık delili teşkil ederler.

Nereden bakılırsa bakılsın, üzerinde ittifak sağlanabilmiş ve herkesçe kabul edilmiş ortak bir İncil metni, ister yazma, isterse basma olsun bulabilmek mümkün değildir. Bu durum ise İncillerin ilâhîliğine, kutsallığına elbette gölge düşürmektedir.